Právo užívat vlajku obci Podkopná Lhota udělil předseda Poslanecké sněmovny Parlamentu České republiky dne 29.3.1995. Obci bylo uděleno také právo užívat znak.
Číslo rozhodnutí: 23
Popis vlajky: Modrý list s bílými zkříženými ostrvemi, každá s plodem trnky, mezi nimi hrotem nahoru bílý meč. Poměr šířky k délce listu je 2:3.